До открытия сайта браузеру нужно узнать адрес его сервера. Этот запрос тоже можно защитить.
Поймите границу функции
Secure DNS шифрует процесс поиска IP-адреса сайта, но не превращает опасную страницу в честную и не заменяет защищенное соединение HTTPS с самим ресурсом. Это отдельный слой.
Различайте режимы
В автоматическом режиме браузер способен вернуться к обычному незашифрованному поиску при проблеме, тогда как выбранный вручную провайдер не использует такой откат. Компромисс следует понимать.
Учитывайте рабочую сеть
На управляемом устройстве, при родительском контроле или во внутренней сети настройка может быть недоступна либо конфликтовать с корпоративным разрешением имен. Политику не обходите самостоятельно.
После изменения проверьте открытие обычных и внутренних сайтов, а при ошибках верните прежнюю настройку и обратитесь к администратору или провайдеру. Не отключайте остальные уровни защиты.
В дороге вспомните правила публичного Wi-Fi. Шифрование DNS-запроса и поведение автоматического режима описывает официальная справка Google Chrome.